Δολοφονήθηκε εν ψυχρώ από τους πολιτικούς του αντιπάλους, μια ημέρα αμέσως μετά από τη δολοφονική απόπειρα εναντίον του Ελευθέριου Βενιζέλου στο Παρίσι.
Με αφορμή τη συμπλήρωση εκατό χρόνων από τη δολοφονία του Δραγούμη, το Τμήμα Αρχείων της Αμερικανικής Σχολής Κλασικών Σπουδών στην Αθήνα διοργάνωσε τον Οκτώβριο του 2020 έκθεση με τίτλο «Ίων Δραγούμης: Στο Μεταίχμιο Ανατολής και Δύσης», με αρχική διάρκεια τριών μηνών (15 Οκτωβρίου 2020 – 15 Ιανουαρίου 2021).
Στο σημείο της εκτελέσεως – σήμερα λεωφόρος Βασιλίσσης Σοφίας, απέναντι από το ξενοδοχείο «Χίλτον» – ανεγέρθηκε το 1921 μνημείο, λευκή κολώνα, όπως είχε ζητήσει με τους στίχους του ο Κωστής Παλαμάς, στην «Νεκρική Ωδή» που είχε συνθέσει (8 Αυγ. 1920) εις μνήμην του Δραγούμη: «Λευκή, ας βαλθή όπου έπεσες, κολώνα, / (Πώς έπεσες, γραφή να μην το λέει) / λευκή, με της Πατρίδας την εικόνα. / Μόνο εκείνη ταιριάζει να σε κλαίει, / βουβή, μαρμαρωμένη να σε κλαίει.» Οι στίχοι αυτοί χαράχθηκαν στο μνημείο.
Στην περιήγηση, διάρκειας 35 λεπτών, όσο, δηλαδή, θα διαρκούσε και μια επίσκεψη στον εκθεσιακό χώρο, οι επιμελητές της έκθεσης παρουσιάζουν τις επιμέρους θεματικές ενότητες και τα σπουδαιότερα εκθέματα, ενώ ακούγονται αποσπάσματα από τα προσωπικά ημερολόγια και τις επιστολές του Ίωνος Δραγούμη.
Οραματιστής ενός ρομαντικού μεγαλοϊδεατικού ελληνικού εθνικισμού, ο Δραγούμης ενεπλάκη στα πάθη του εθνικού Διχασμού, τα οποία και του στοίχισαν τη ζωή, αλλά και μετά τη δολοφονία του δεν έπαυσε να επηρεάζει την ελληνική σκέψη, όντας για άλλους από τους θαυμαστές του «μάρτυρας και ήρωας του Ελληνισμού», «πατέρας του ελληνικού εθνικισμού», ή πάντως «ένας από τους πιο παρεξηγημένους, περισσότερο αμαυρωμένους και λιγότερο δικαιωμένους διανοητές της νεοελληνικής σκέψης και συνείδησης», για άλλους σωβινιστής, για άλλους ρομαντική και αμφιλεγόμενη, πάντοτε συναρπαστική προσωπικότητα.
Στη φωτογραφία, Ίων Δραγούμης και Μαρίκα Κοτοπούλη, Κωνσταντινούπολη 1908. Αρχείο Ίωνος Δραγούμη, Τμήμα Αρχείων, Αμερικανική Σχολή Κλασικών Σπουδών στην Αθήνα
Ο ελληνοκεντρισμός του, μαζί με τον ρομαντικό και ηρωικό του χαρακτήρα, αλλά και τον αριστοκρατικό και φιλελεύθερο μαζί τρόπο ζωής του, δημιούργησαν έναν μύθο -μια «προσωπική μυθολογία» για τον Δραγούμη, όπως είχε αναφέρει ο Οδυσσέας Ελύτης.
